В игре говорится, что город Лиманск был засекречен и знали о его существовании только единицы. А узнали о нем только после Сверхвыброса, спровоцированного группой Стрелка. Но на многих локациях, например, на базах группировок можно встретить плакаты с надписью «Посетите наш солнечный город Лиманск».
Наёмнику Шраму в конце игры даётся задание «остановить Стрелка», а фактически убить его. И вполне вероятно, что КПК Шрама попал Меченому, когда того отвозили на «грузовике смерти» (хотя в одной из концовок S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl такая запись объясняется тем, что система «зомбирования» агентов О-сознания дала сбой и «запрограммировала» Стрелка — найти и убить Стрелка).
На вопрос о слухах в Зоне NPC может ответить, что сначала фанатики Монолита просто не пускали в центр Зоны сталкеров, но потом, после того как группировка Монолит на некоторое время пропала, из центра зоны вышла агрессивная группа сталкеров, стрелявших во всех без разбору и не шедших на переговоры. Вполне вероятно, что им «промыло» мозги «О-Сознание». В конце игры Стрелка и ещё нескольких сталкеров, а возможно и Шрама зомбируют специальными мониторами. Вполне вероятно, из Стрелка хотели сделать «монолитовца», но что-то у них провалилось (как говорится в предыдущей игре, он стал опасен для О-Сознания).
На экранах мониторов можно заметить стандартные консоли и файлы с названиями вроде crovosos, limansk и т. п.
В конце показывается ролик с полуживым Меченым. У него уже есть аббревиатура S.T.A.L.K.E.R. События Shadow of Chernobyl разворачиваются спустя год, после событий «Чистого Неба». Где он был целый год, осталось загадкой.
В районе НИИ «Агропром», где обосновалась группировка «Долг» играет музыка из других проектов GSC — «Герои уничтоженных империй» и «Казаки 2»
Как известно, игра имеет одну концовку: Шрам пробивает пси-защиту Стрелка и происходит Выброс. Потом Стрелка зомбируют агенты «О-Сознания» и игра заканчивается. Но, оказывается, разработчики вырезали вторую концовку. На ЧАЭС повсюду разбросаны порталы. Один из них по задумке должен телепортировать Шрама к одному из зданий, где засели шесть «монолитовцев». Но он телепортирует туда, откуда вы пришли. Так вот, можно обмануть игру и миновать портал по перилам лестницы, у которой он располагается. Тогда Шрам попадает к зданию, убивает «монолитовцев» и вам показывают ролик: Стрелок стреляет в вас и вы умираете от пулевого ранения. И сразу же игра вылетает.
Пишите что знаете
| 
